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प्रोटीन अनुक्रमण (Protein Sequencing) एक महत्वपूर्ण प्रक्रिया है जिसके माध्यम से किसी प्रोटीन की संरचना, यानी उसके अमिनो एसिड अनुक्रम को निर्धारित किया जाता है। यह प्रक्रिया जैविक रासायनिक प्रक्रियाओं के अध्ययन में महत्वपूर्ण भूमिका निभाती है, क्योंकि प्रोटीन का कार्य और उसकी विशेषताएँ उसके अमिनो एसिड अनुक्रम पर निर्भर करती हैं। प्रोटीन अनुक्रमण का उद्देश्य प्रोटीन के संरचना और कार्य को समझना है, जिससे वैज्ञानिकों को रोगों के इलाज, औषधि निर्माण और जैविक प्रक्रिया को बेहतर समझने में सहायता मिलती है। इस प्रक्रिया में कई चरण होते हैं, जो जटिल और तकनीकी होते हैं।

प्रोटीन अनुक्रमण की प्रक्रिया को सामान्यत: दो मुख्य चरणों में विभाजित किया जा सकता है: प्रोटीन का पृथक्करण और विश्लेषण। 

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